Évolution du microbiote intestinal humain
Au fil du temps, nous avons apporté des changements à notre alimentation, à notre environnement et à notre mode de vie. Vous êtes-vous déjà demandé si notre microbiote intestinal a lui aussi subi des changements importants?
Grâce à la paléomicrobiologie, l’étude des anciens microorganismes, les chercheurs ont examiné des excréments de Néandertaliens pour mieux comprendre l’évolution du microbiote intestinal humain. Les Néandertaliens sont nos plus proches parents sur le plan de l’évolution. Ils sont apparus il y a au moins 200 000 ans, au cours de l’époque du Pléistocène (environ de 2,6 millions à 11 700 années passées).1 Ils habitaient dans une variété de régions, qui sont aujourd’hui l’Europe et l’Asie. Les premiers humains modernes (Homo sapiens) ont suivi et remplacé les Néandertaliens il y a environ 45 000 à 35 000 ans. Pourtant, des études actuelles suggèrent que les humains modernes se sont croisés avec les Néandertaliens, ce qui indique que nous ne sommes peut-être pas deux espèces biologiques distinctes après tout.
Les chercheurs ont extrait et analysé l’acide désoxyribonucléique ancien (ADNa) de plaque dentaire, d’os et, récemment, de selles provenant d’humains! Les chercheurs ont analysé d’anciens échantillons de selles humaines, également appelés paléofèces ou coprolithes, provenant du site d’El Salt, en Espagne, remontant au Paléolithique moyen.2 Ils ont trouvé 210 espèces bactériennes appartenant à des familles du microbiome intestinal qui sont associées aux Néandertaliens. Certains des types de microorganismes découverts sont ceux qui produisent des acides gras à chaîne courte, tels que Faecalibacterium, Bifidobacterium et Roseburia. Un nombre croissant de preuves suggèrent que Faecalibacterium pourrait être un biomarqueur d’un microbiote intestinal sain. De plus, les bactéries Bifidobacterium nous sont transmises par notre mère. Elles peuvent digérer les oligosaccharides du lait et protéger les nourrissons allaités contre les infections et la diarrhée, tout en réduisant le risque de développer des allergies, des maladies métaboliques, de l’asthme et d’autres maladies inflammatoires. À l’heure actuelle, les fabricants cultivent diverses souches de Bifidobacterium, utilisées comme probiotiques pour procurer des bienfaits à la santé.
Fait intéressant, les résultats de l’étude contribuent au nombre croissant de preuves selon lesquelles les Néandertaliens n’étaient peut-être pas carnivores. Les bactéries Roseburia peuvent digérer les fibres végétales et génèrent plus d’énergie à partir de celles-ci. Les personnes qui consomment aujourd’hui des régimes à base de plantes comportant des grains, des légumineuses et des fruits abritent une quantité plus abondante de Roseburia. Il est possible que les Néandertaliens aient également utilisé des plantes à des fins médicinales, comme celles contenant de l’acide salicylique (p. ex., l’écorce de saule), qui est l’ingrédient actif de l’aspirine.3
Ils ont également découvert un nombre important de bactéries qui dégradent le cholestérol. Puisque ces bactéries sont encore importantes dans notre microbiote intestinal aujourd’hui, il est possible qu’un régime alimentaire riche en cholestérol ait fait partie de nos habitudes alimentaires pendant des dizaines de milliers, voire des millions d’années. Les infections et les maladies modernes ont peut-être affligé nos ancêtres évolutionnaires. Les chercheurs ont trouvé des microorganismes pathogènes qui sont associés aux maladies buccales et dentaires, à la gangrène chez l’humain et à l’appendicite aiguë.
L’étude conclut que notre microbiote intestinal est semblable à celui des Néandertaliens, partageant bon nombre d’espèces bactériennes majeures. Les chercheurs pensent que ces espèces pourraient être des éléments clés de notre biologie et de notre survie évolutionnaire. Nos « vieux amis », Spirochaetaceae, Prevotella et Desulfovibrio qui regroupent des espèces bactériennes qui, selon les prédictions des chercheurs, étaient présentes tout au long de l’évolution des mammifères, ont été trouvés en grand nombre dans les échantillons paléofécaux. Cependant, ces espèces disparaissent de plus en plus des populations occidentales actuelles, alors que les troubles auto-immuns et inflammatoires liés à un déséquilibre des microorganismes au sein du microbiote intestinal sont à la hausse.
Il existe des échantillons paléofécaux remontant à au moins 8 000 ans n’ayant pas encore été analysés par les chercheurs. Notre compréhension de l’ancien microbiote intestinal humain continue de s’accroître; il sera intéressant de voir comment les découvertes pourront nous aider à traiter les maladies et les troubles digestifs au moyen de prébiotiques, de probiotiques et d’autres interventions alimentaires.
Saviez-vous que certains Néandertaliens avaient peut-être les cheveux roux et une peau pâle? Contrairement à la croyance populaire, des études révèlent que les Néandertaliens avaient probablement des couleurs de cheveux et de peau variées, potentiellement aussi diverses que les nôtres aujourd’hui!4